Я покупаю у вас хостинг и регистрирую через вас домен к нему -- кому будет принадлежать мой домен?

Он будет принадлежать вам и только вам. Мы заключаем с компанией-регистратором договор на третье лицо которым являетесь вы. Именно поэтому очень важно аккуратно заполнять форму заявки на хостинг -- данные оттуда используются при регистрации домена.